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प्रोटीन-प्रोटीन इंटरैक्शन (पीपीआई) वह प्रक्रिया है जो जानबूझकर भौतिक संपर्कों को संदर्भित करती है जो जैव रासायनिक घटनाओं और/या इलेक्ट्रोस्टैटिक बलों के एक भाग के रूप में दो या दो से अधिक प्रोटीन परिसरों के बीच स्थापित होते हैं, लेकिन वे शायद ही कभी अकेले कार्य करते हैं। प्रोटीन सेलुलर और प्रणालीगत दोनों स्तरों पर महत्वपूर्ण मैक्रोमोलेक्यूल्स हैं। प्रोटीन-प्रोटीन इंटरैक्शन प्रोटीन कॉम्प्लेक्स की संरचना और कार्य के लिए बुनियादी इंटरैक्शन हैं।
प्रोटीन-प्रोटीन अंतःक्रियाओं के मापने योग्य प्रभाव हैं: एंजाइमों के गतिज गुणों में परिवर्तन, जो सब्सट्रेट बाइंडिंग या एलोस्टेरिक प्रभावों में सूक्ष्म परिवर्तनों का परिणाम हो सकता है; डोमेन या सबयूनिट्स के बीच एक सब्सट्रेट को स्थानांतरित करके सब्सट्रेट चैनलिंग की अनुमति दें, जिसके परिणामस्वरूप अंततः एक इच्छित अंतिम उत्पाद प्राप्त होगा; विशेष रूप से छोटे प्रभावकारी अणुओं के लिए एक नई बाइंडिंग साइट बनाएं; प्रोटीन को निष्क्रिय या नष्ट करना; विभिन्न बंधन साझेदारों के साथ बातचीत के माध्यम से अपने सब्सट्रेट के लिए प्रोटीन की विशिष्टता को बदलें, उदाहरण के लिए, एक नया कार्य प्रदर्शित करें जिसे कोई भी प्रोटीन अकेले प्रदर्शित नहीं कर सकता है; अपस्ट्रीम या डाउनस्ट्रीम इवेंट में नियामक भूमिका निभाएं।
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