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पर्यावरण की सुरक्षा के लिए जैव रसायन के सिद्धांतों को लागू करना पर्यावरण जैव रसायन की मुख्य चिंता है । मुख्य विषयों में जल गुणवत्ता और वायु संसाधनों का प्रबंधन, विकिरण से सुरक्षा, औद्योगिक स्वच्छता बनाए रखना आदि शामिल हैं। पर्यावरण जैव रसायनज्ञ ऐसे उद्देश्यों के लिए जीवित जीवों और उनकी क्षमताओं को नियोजित करते हैं।
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