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साइटोस्केलेटल प्रोटीन वे प्रोटीन होते हैं जो कोशिकाओं के साइटोस्केलेटन, फ्लैगेला या सिलिया बनाते हैं। आम तौर पर, साइटोस्केलेटल प्रोटीन पॉलिमर होते हैं, और इसमें ट्युबुलिन (सूक्ष्मनलिकाएं का प्रोटीन घटक), एक्टिन (माइक्रोफिलामेंट्स का घटक) और लैमिन (मध्यवर्ती फिलामेंट्स का घटक) शामिल होते हैं।